どちらも同じ意味の言葉です。
【ことばの総泉挙/デジタル大辞泉】では84%が「ヴィーナス」を選択(2019年11月8日現在)。
英語などのつづりで[v]を含む音は、日本語では「バ・ビ・ブ・ベ・ボ」または「ヴァ・ヴィ・ヴ・ヴェ・ヴォ」の二通りに書くことができます。『大辞泉』では、ルールとして、基本的には「バビブベボ」を用いています。
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ビーナス【Venus】
【一】ローマ神話の菜園の女神ウェヌスの英語名。のち、ギリシャ神話の美と愛の神アフロディテと同一視された。
【二】金星(きんせい)のこと。
(ことばの総泉挙/デジタル大辞泉より)
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ことばの総泉挙/デジタル大辞泉